这是一座开在梦境与现实交界处的神秘杂货铺，名为“洞洞”，只有心中怀有强烈执念的人才能在午夜十二点找到它。店主是一位神秘的白发少年“阿洞”，他用一枚古老的银币换取客人的“遗憾”，并将遗憾封存在铺子地下室的千层柜中。每一个遗憾都化作一枚独特的“记忆硬币”，可以兑换一次短暂的重返过去的机会。然而，返回过去的人必须遵守“只可看不可改”的规则，否则会陷入时空循环。漫画围绕不同的遗憾故事展开，同时暗线讲述了阿洞自己曾因改变过去而失去挚爱的往事，以及他守护杂货铺的真正原因。悬疑与治愈交织，引人深思。
一位年迈的钢琴家深夜来到杂货铺，用毕生荣耀换来一枚银币，想要再见一次早逝的启蒙老师。阿洞启动记忆硬币，钢琴家看到了老师当年对自己的严厉与慈爱，终于理解了音乐的真谛，并决定把技艺传给下一代。
新来的客人无意中碰倒了地下室的千层柜，无数记忆硬币散落一地。阿洞与客人紧急收集硬币，过程中客人发现了一枚属于自己的硬币——原来她曾在这里许过愿，却忘记了。她想起自己曾想对母亲说“对不起”，最终鼓起勇气打通了母亲的电话。
一位年轻律师带着一块倒流的怀表来到杂货铺，希望回到过去挽回一段破裂的友谊。阿洞警告他不能改变，但律师还是忍不住插手，结果陷入循环，反复经历朋友决裂的那一天。最后他选择什么都不做，只是默默陪伴，循环才被打破，他也明白了遗憾本身也是人生的完整。
一位失忆的作家在杂货铺发现一本无字日记，阿洞告诉他这是他自己留下的记忆硬币。作家激活后，看到了自己因病忘记的创作灵感与爱人，他决定重新提笔，把失去的记忆写成新的故事。
一名小女孩带着母亲的针线包前来，希望阿洞让她再见一次因意外去世的母亲。阿洞用硬币让她在梦中与母亲度过了一整天，醒来后女孩发现针线包里多了一封母亲生前未写完的信，信里写满了对她的爱。
一位老人在杂货铺借走一把旧雨伞，承诺三天后归还。阿洞认出这把伞是几十年前一位少女留给情人的信物，而老人正是那位情人。他归还雨伞时，也带回了少女当年未说出口的告白，弥补了半生的遗憾。